綜合局負責承辦海峽兩岸關(guān)系協(xié)會(huì )的日常工作。負責并協(xié)調有關(guān)部門(mén)與臺灣當局授權的團體和人士進(jìn)行協(xié)商談判；負責并歸口管理與臺灣海峽交流基金會(huì )的聯(lián)系事宜；協(xié)調指導有關(guān)部門(mén)和地方處理涉臺突發(fā)事件和兩岸雙向遣返及有關(guān)問(wèn)題；按照《海協(xié)會(huì )章程》，開(kāi)展與島內、海外團體和人士的聯(lián)系與合作。管理臺屬及臺胞捐贈工作。